南通市区有4个区,分别是崇川、港闸、开发区和海安。
1.崇川区位于江苏省东南部长江入海口北岸,总面积1186平方公里,人口108万,辖5个街道、3个镇:狼山街道、钟秀街道、文峰街道、和平桥街道、南大街街道、观音山街道;虹桥街道、任港街道、五接镇、平潮镇、唐闸镇。
2.港闸区位于南通市西郊,总面积161.5平方千米,人口44万,辖6个街道、1个镇:天生港镇、陈桥街道、秦灶街道、幸福街道、永兴街道、唐闸镇。
3.开发区地处南通城区东北部,属上海经济辐射圈的“飞地”,现已成为全国首批14个沿海开放城市之一。