呼伦贝尔市境内的河流有额尔古纳河、海拉尔河、克鲁伦河等。
1.额尔古纳河:发源于大兴安岭伊勒呼里山北麓,由西向东流经根河市、额尔古纳市和陈巴尔虎旗,在室韦口岸附近汇入黑龙江,全长970公里,是中国唯一注入北冰洋的河流,也是世界上流经国家最多的河流之一。2.海拉尔河:发源于大兴安岭伊勒呼里山南侧,由西向东横贯海拉尔区,在新巴尔虎左旗附近与额尔古纳河相汇后称为呼伦湖,全长348公里,流域面积4.7万平方公里,年径流量30亿立方米。3.克鲁伦河:发源于大兴安岭伊勒呼里山北坡,自西南向东北流经鄂温克族自治旗、陈巴尔虎旗和牙克石市,在扎兰屯市附近汇入呼伦湖。